No dia 20/08/1998, representantes de diversas singulares do Sistema Unimed reuniram-se para constituir a Unimed Nacional, na época batizada de Central Nacional Unimed (CNU), operadora nacional de planos de saúde Unimed. A empresa é criada com o objetivo de atender à Lei 9.656/98 que regulamenta os planos de saúde. A partir de então, a Cooperativa Nacional tornou-se a responsável pela operação dos planos nacionais, garantindo a competitividade do Sistema Unimed e a satisfação dos clientes no atendimento por meio de intercâmbio com as Singulares (com atuação local) e Federações (com atuação regional).
    Inicialmente, a Unimed Nacional atenderia organizações com, no mínimo, 300 vidas (entre funcionários e dependentes), que atuem em três ou mais estados. Após alguns anos, a empresa passou a atuar em locais sem a presença de singulares Unimed. A primeira praça com operação local foi São Paulo, em 2001. Com a finalidade de garantir a prestação aos beneficiários em capitais chaves, a cooperativa nacional expande sua estrutura física para Salvador, em 2009; Brasília, em 2010 e São Luís, em 2014.
        Nos últimos anos, a Cooperativa Nacional tem intensificado os investimentos com o objetivo de garantir o futuro sustentável e crescimento do negócio. Em 2022, são anunciadas as parcerias com a Oncoclínicas, Clínica +60 Saúde, Cuidar Mais e dr. Online. Em 2023, Brasília e Salvador recebem o Unimed Espaço Saúde, recurso próprio da Unimed Nacional que oferece os atendimentos de infusão e administração de medicamentos não oncológicos (hormonioterapia, pulsoterapia e imunobiológicos).